Первым и, возможно, наиболее значимым недостатком сжатого хранения является его низкая безопасность. Водород — легковоспламеняющийся газ, и даже небольшие утечки или повреждения контейнеров могут привести к серьезным пожарам и взрывам. Это делает сжатое хранение неподходящим для перевозки водорода с использованием наземных и морских видов транспорта, особенно подводных лодок и аппаратов для исследования морских глубин.